Збірник Наукові праці МАУП публікує доробки науковців Академії та співробітників інших наукових інститутів. Академія є осередком плідної наукової діяльності у різних наукових галузях. В Академії працюють такі відомі вчені, як ​доктора політичних наук Бідзюра І.П., Варзар І.М., Головатий М.Ф., Піляєв І.С., доктора історичних наук Гончаренко О.М., Попов В.Ж., доктор філософських наук Мєлков Ю.О., доктори економічних наук Куроченко О.О., Радзієвський О.І., Сафонова В.Є., доктори юридичних наук Заросило В.О., Курко М.Н., Подоляка М.І., Юлдашев О.Х. Очолювані ними наукові школи плідно розробляють концепції розвитку України в ХХІ столітті, проблеми становлення політичної влади в Україні у контексті сучасного глобального розвитку, стратегію вдосконалення управління фінансами, сучасні механізми підвищення ефективності зовнішньоекономічної діяльності в умовах глобалізації, психологічні проблеми сучасних політичних процесів, правові засади управління у сфері господарювання в умовах ринкової економіки України.

В Академії проводиться підготовка фахівців і науковців вищої кваліфікації. Рішенням Атестаційної Колегії Міністерства освіти і науки України від 22 червня 2000 року (протокол № 3/3 – 5/2) в МАУП було відкрито аспірантуру за шістьма спеціальностями, зокрема: 23.00.02 – Політичні інститути та процеси; 23.00.03 – Політична культура та ідеологія; 19.00.03 – Соціальна психологія; 22.00.03 – Соціальна структура, соціальні інститути та соціальні відносини та інші.

У наступні роки здійснювалась перереєстрація спеціальностей 12.00.01 – Теорія та історія держави і права; історія політичних і правових учень (наказ МОН України № 759 від 27 грудня 2002 року) та 23.00.02 – Політичні інститути та процеси (політичні науки) (наказ МОН України № 1007 від 06 листопада 2008 р.), перелік спеціальностей було розширено.

Станом на 2017 рік в МАУП здійснюється набір в аспірантуру за 7 спеціальностями, зокрема 23.00.02 – Політичні інститути та процеси та інші. За спеціальністю 23.00.02 - Політичні інститути та процеси навчається 42 аспіранта. Загалом, станом на 14 травня 2015 р. в аспірантурі МАУП навчається 206 аспірантів. Серед них 30 громадян інших країн.

В МАУП діють спеціалізовані вчені ради з захисту дисертаційних робіт.

Спільна спеціалізована вчена рада складається з 10 рад із захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора філософії у галузях: «соціально-політичні науки», «історико-гуманітарні науки», «економічні науки і менеджмент», «психологічні та педагогічні науки», «юридичні науки», «менеджмент та економіка охорони здоров’я», «реклама», «дизайн», «безпекознавство» та Спеціалізованої ради із захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора наук.

Персональний склад Спільної спеціалізованої вченої ради був затверджений відповідно до рішення об’єднаної Академічної Ради МАУП і МКА (протокол № 1 від 15 лютого 2013 р.). У складі Ради налічується 141 науковець, з них 59 докторів наук та 82 кандидата наук.

Спеціалізована вчена рада з соціально-політичних наук проводить захист дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора філософії в галузях: політологія, соціологія, міжнародні відносини, державне управління, адміністративний менеджмент.